L’approccio basato sul genoma per rilevare le epidemie di influenza aviaria

Solo 4 anni fa, un’epidemia di influenza aviaria altamente patogena colpì Stati Uniti e Canada con effetti devastanti. Negli USA sono andati distrutti oltre 48 milioni di capi per un costo economico complessivo di 3,3 miliardi di dollari. E nella British Columbia sono stati colpiti 13 allevamenti avicoli che hanno perso 240.000 capi.

E’ ormai noto che uno dei veicoli principali di queste epidemie sono gli uccelli acquatici selvatici: sebbene anche a quei tempi ci fosse in atto un programma di sorveglianza, questo si limitava alla raccolta e al test su singoli uccelli selvatici.

Per migliorare la sorveglianza e avviare anche il monitoraggio ambientale, il Ministero dell’Agricoltura della Columbia Britannica ha unito le forze con il Laboratorio di Salute Pubblica del Centro per il Controllo delle Malattie per sviluppare un nuovo approccio: si tratta di un test basato sulla genomica che identifica e caratterizza i virus dell’influenza aviaria nei sedimenti delle zone umide.

I ricercatori hanno ripreso dal genoma la sequenza virale bio-specifica e hanno usato piccoli magneti per estrarre i sedimenti dal terreno. I campioni raccolti sono quindi ingranditi e le sequenze identificate rispetto ai molti altri organismi presenti. Per effettuare l’analisi il team ha utilizzato bio-strumenti.

Il lavoro di ricerca e sperimentazione, parzialmente finanziato da Genome British Columbia, ha dimostrato che questo nuovo approccio funziona perfettamente, in quanto il virus dell’aviaria è stato rilevato in una proporzione significativa dei campioni di sedimenti, rispetto ad una percentuale inferiore all’1% caratteristica dei programmi di sorveglianza nazionale sull’aviaria applicati sugli uccelli selvatici. Inoltre, il virus è stato trovato nelle zone umide di tutta la Fraser Valley. Se questa tecnologia fosse stata disponibile qualche anno fa probabilmente sarebbe stato possibile mitigare la diffusione dell’epidemia.

Questa scoperta ha portato i ricercatori a realizzare il nuovo progettoAnalisi genomica del sedimento delle zone umide come strumento per la sorveglianza e la prevenzione dell’influenza aviaria” che ha ricevuto finanziamenti per 2,5 milioni di dollari canadesi da una serie di organizzazioni, compreso il Sustainable Poultry Farming Group.

In questa fase si sta esaminando quali misure sono necessarie per trasferire la tecnologia da un’iniziativa di proof-of-concept alla sua applicazione sul campo, compresa la sua convalida scientifica e la sua incorporazione nei programmi di sorveglianza sugli uccelli acquatici. Si prevede tuttavia che questo innovativo approccio sarà adottato a livello nazionale e internazionale per la sorveglianza dell’IA e di altre malattie associate alla fauna selvatica.

La dottoressa Catalina Lopez-Correa, responsabile scientifico di Genoma BC, ha detto che l’investimento ha permesso al team di ricerca di perfezionare e convalidare la sorveglianza dei sedimenti con le tecnologie genomiche, la metodologia e l’approccio sul campo. “In particolare questa tecnologia consente l’identificazione della combinazione ottimale di tecniche di sorveglianza dell’influenza aviaria con la massima efficienza ed efficacia“.

Steve Leech, direttore del programma nazionale di Chicken Farmers of Canada ha aggiunto che “questa risposta rapida può essere un notevole passo in avanti e ha importanti implicazioni per l’industria avicola. Oltre ovviamente ad essere importante anche da un punto di vista di salute pubblica”.

Fonte Poultry World